Paramétrage serveur dédié - PHP FCGID MySQL

Suite à migration vers nouveau site Presta 1.6 nous rencontrons des lenteurs aléatoires, avec une charge CPU très importante.
Le nombre de processus php-cgi augmente fortement a certaines heures. Et parfois MySQL se met a consommer beaucoup de CPU
Le reste du temps le site est plutôt rapide et la charge CPU à 20%.

Je pense un soucis de réglage du serveur ou a un script qui part en boucle, sinon le site tourne plutôt bien.
Le serveur est sous CentOS avec Webmin

Ce type d'erreur apparaissent dans le log d'Apache : (une toutes les 5/10 minutes)
mod_fcgid: ap_pass_brigade failed in handle_request_ipc function,
End of script output before headers:

La mission serait de régler ce soucis de charge aléatoire, soit par réglage de PHP-CGI / Mysql, soit par détection d'un script buggé.