Raprochement fichiers PDF

Bonjour

Je cherche à faire du rapprochement de fichiers PDF, via un logiciel, un script ou autre.
Je m' explique:
J' ai un répertoire contenant des factures en PDF ( 1 fichier par facture)
J' ai un répertoire contenant des relances en PDF ( 1 fichier par relance)
il y a dans c'est deux PDF un numéro de facture commun en texte dans une zone du PDF.
Je veux que dans un troisième répertoire soit ranger dans un seul fichier la relance et la facture correspondante.

J' ai besoin aussi d' un quatrième répertoire pour y ranger les documents orphelins

il faut définir pour les deux document une zone ou faire la valeur de rapprochement et il faut également que je puisse traiter plusieurs types de document en même temps c est a dire des factures avec des relances, des bons de livraisons et des factures, des devis et des factures .....

Ce script, logiciel batch ... pourrais tourner sur un serveur soit windows 2012 soit linux héberger chez OVH