Débuggage bottleneck sur server Debian 6

Bonjour, nous avons une application PHP5.3/Symfony2/Mysql/RabbitMQ qui tourne parfaitement en consultation web.
Depuis l'accès via API par un application iPhone, nous rencontrons des timeouts pseudo-aléatoire dont nous n'arrivons pas à déterminer la cause.
Nous cherchons donc un administrateur système, aguerri au système debian 6, pour trouver où se situe le problème (config server, bottleneck php ...)

Le serveur est actuellement sous monitoring via newrelic.com