Migration d'un ensemble de bases de données d'un Macmini vers LINUX

Migration d’un ensemble de Bases de données d’un Macmini (2010) sur Linux (2020)

L’objectif est migrer un ensemble de bases de données (données taxonomiques et data associées) depuis un MacMini (de 2010, OSX 10.6.8) sur une machine LINUX pour la pérenniser dans le cadre d’un projet plus ambitieux où une refonte complète de la base est envisagée.

Contexte.
Toutes les bases sont sur le même schéma de base de données et ce qui sera fait dans l’une (FLOW: [URL visible pour les membres Pro]) servira aux autres. Pour toutes les bases de données il y a un même éditeur qui permet de saisir les données dans la bases. Chaque base à son interface web en revanche et il existe différents modules qui sont ou ne sont pas fonctionnels selon les bases (selon leur intérêt).

Le MacMini est obsolète et travaille avec les versions suivantes: PostgreSQL v8.4, openssl v0.9.8 , php v5.6, apache v 2.2.24, perl v5.10.0. La version openssl dans Apache est obsolète, générant un message générique sur la sécurité du site qui perturbe (pour le moins!) les visiteurs. Les librairies javascript utilisées sont Jquery (plusieurs versions de Jquery cohabitent mais toutes sont obsolètes) et d’autres librairies utilitaires standards (éventuellement modifiées) ou « maison ». Des sites extérieurs sont interrogés pour la création de fichiers liés à la répartition géographie ([URL visible pour les membres Pro]) (mais le serveur GBIF ayant changé d'API, les requêtes vers le gbif ne ne fonctionnent plus) ou pour la fabrication des cartes (edit.africamuseum.be - machine également récemment upgradée (Ubuntu 18, PHP 7, Apache 2.2 et PostgreSQL 12).

L’interfaçage WEB est un ensemble des scripts perl et javascript maison qui représente plusieurs milliers de lignes de code : il comporte une partie interrogation de la base de données (‘Explorer’) mais aussi une partie de saisie des nouvelles entrées de cette base ou modifications de celles-ci (Editor’).

Ces services sont utilisés par une large communauté entomologique, et nous recherchons un prestataire pour finaliser la migration de ces bases de données de biodiversité avec leurs interfaces d'édition et de consultation. Les objectifs sont :

- de finaliser le transfert du serveur sous Linux (Debian 10, Apache 2.4.38, php7) qui a été initié mais reste dans un état non fonctionnel
- de finaliser la migration PostgreSQL v8.4 vers PostgreSQL 12 (Les champs identificateurs unique d'objets (OIDs) ont disparus en version 12), et du code php/perl s'appuie lourdement sur ces OIDs pour les requêtes, donc cette partie nécessite une attention particulière
- de modifier les programmes/scripts d'interfaces Web (perl, php, javascript) pour les requêtes à la nouvelle version des bases en version 12 de Postgresql, unifier les appels aux librairies (vers leurs version actuelles). Cela pourra demander un changement des structures de données de ces scripts (outre la mise à jour des librairies). Il s'agira aussi de supprimer les nombreuses erreurs non critiques qui jalonnent aujourd'hui l'exécution actuelle des scripts et qui remplissent les logs du serveur.

Tout ce travail devra être effectué en ayant à l'esprit de maintenir une pérennité raisonnable des outils/langages employés et, sans envisager une re-écriture complète, d'aller dans le sens d’une réorganisation simplificatrice des scripts interrogeant toutes les bases, ainsi que de leur sortie en format html compatible avec tous les navigateurs.