Script de remplissage d'un formulaire PDF protégé

Nous cherchons à automatiser le remplissage d'un document PDF avec des informations issues d'une base de données MySQL.
Je précise que le PDF est un document protégé: en effet, nous avons effectué quelques tests de modifications à la main et nous sommes aperçus que pour pouvoir sauvegarder les saisies effectuées manuellement, il faut préalablement avoir sauvegardé le fichier sur son ordinateur.
Les modifications effectuées manuellement depuis le navigateur sont perdues lors de l'enregistrement sur le disque dur.

Si cela te parle ou ne te fait pas peur, merci de me contacter pour plus d'infos.